湖南省杂交水稻分子育种重点实验室于2002年在原湖南杂交水稻研究中心分子育种室的基础上组建。现有科技人员27名，其中研究员3名，客座研究员6名，副研究员5名，助理研究员3名，实验师1名，技术员9名。主要承担杂交水稻基础理论、远缘杂种优势利用、外源DNA导入、基因工程、基因组学、功能基因组学以及分子标记辅助育种等方面的研究课题。

  目前正主持总理基金项目、国家“863”课题、国家自然科学基金、农业部跨跃计划项目和湖南省重点项目共11项，同时参加国家“973”、国家“十五”攻关项目、中国科学院“创新基金”和湖南省自然科学基金等项目20项。并且参与国际水稻研究所、美国康奈尔大学、中国水稻研究所、香港中文大学等单位的一些横向课题。已经在杂交水稻基础理论和应用基础研究、分子标记辅助育种、外源DNA导入、生物技术应用于机械化制种和纯度鉴定研究、温敏核雄性不育相关基因的鉴定、克隆和表达调控，以及超级杂交稻基因组学研究等多个领域取得较大进展。至今获得湖南省科技进步二等奖2项，三等奖3项，湖南省农业科学院科技进步一等奖4项，通过技术鉴定新成果1项。

  实验室的宗旨：根据袁隆平院士“分子技术与常规育种结合如虎添翼”的题词精神，以该中心雄厚的杂交水稻常规育种技术力量为后盾，立足中、下游技术的研究和开发，同时努力开展具有广阔应用前景的上游生物技术研究，为杂交水稻常规育种研究过程中存在的问题提供分子水平的解决方案。努力创造完备的实验条件和人才流动、竞争的宽松工作环境，力争将现有国家杂交水稻工程技术研究中心提升为世界一流的杂交水稻分子育种、学术交流和人才培训的国际活动中心。